Langsung ke konten utama

Biolog Kerja Lembur Sequencing Kejar Target 10K Microbial Genomes Project

loading...
Tinuku

(KeSimpulan) Bagi para ilmuwan, seribu genome mikroba hanyalah awal. The GenBank sequence database, repositori pusat dari semua sekuens DNA akan tersedia untuk publik, menghitung mikroba yang genome keseribu akan lengkap pada bulan ini.

Tapi seribu genome hanyalah sebagian kecil dari keragaman yang ada di dunia mikroskopis. Kini, para ilmuwan ingin mengisi kekosongan itu. "Sapuan kuas yang luas atas keragaman mikroba tidak akan terwakili secara memadai dalam ribu pertama itu. Benar-benar penting bahwa kita untuk mendapatkan lebih banyak." kata Stephen Giovannoni, mikrobiolog di Oregon State University di Corvallis.

Mengindeks Genomic Encyclopedia of Bacteria and Archaea, sebuah proyek yang dipelopori oleh US Department of Energy's Joint Genome Institute (JGI) di Walnut Creek, California, bertujuan untuk mengurutkan seribu genome atau lebih mikroba.

Sebagian besar spesies genome mikroba yang telah diterjemahkan berasal dari hanya tiga kelompok dan dipilih karena pentingnya bagi medis atau lingkungan. Para peneliti bebas memilih mikroba dari banyak cabang-cabang pohon evolusi kehidupan.

Sebuah proyek percontohan yang dipimpin oleh Jonathan Eisen, biolog evolusi dari University of California, di Davis, menunjukkan cara-cara pendekatan seperti melunasi hutang ilmu pengetahuan. Tim harus memilih dan sequencing lebih 100 spesies yang 'diabaikan' karena tidak memiliki kerabat dekat di antara 1.000 genome yang sudah didaftar di GenBank. Para peneliti melaporkan pada awal tahun ini pada JGI's Fourth Annual User Meeting yang pertama kali memetakan genome 56 mikroba ini, meningkatkan tingkat penemuan gen baru dan protein dengan sifat-sifat biologis terbaru. Ini juga meningkatkan kemampuan peneliti untuk memprediksi peran gen organisme dengan yang tidak diketahui fungsinya namun telah siap sequencing.

"Tidak ada keraguan bagi kami bahwa mengisi cabang-cabang pohon ini akan berguna untuk banyak studi ilmiah yang menggunakan data genome. Ada empat miliar tahun evolusi dan kita dapat benar-benar memanfaatkan dengan memiliki sebagian dari informasi di database kami," kata Eisen. Semua genom baru ini harus meningkatkan pemahaman tentang evolusi, fisiologi, dan kapasitas metabolisme mikroba. Para biolog juga akan membantu mencocokkan urutan DNA yang tepat dari spesies dalam skala besar, daftar tertinggi metagenomic dari sampel lingkungan, dan pada akhirnya memberikan kontribusi dalam bidang biologi sintetik dan rekayasa genetika.

JGI tidak sendirian dalam sequencing genome mikroba baru. Fase berikutnya dari Microbiome Human Project, suatu inisiatif yang dijalankan oleh US National Institutes of Health untuk menandai semua kehidupan mikro-organisme di dalam tubuh manusia, melibatkan genome mikroba sekitar 900 spesies pada lima situs yaitu kulit, mulut, hidung, usus dan vagina.

The Ten Thousand Microbial Genomes Project yang diluncurkan pada bulan Agustus oleh Beijing Genomics Institute-Shenzhen, rencananya untuk membuat peta genome secara lengkap bagi 10.000 strain, tapi lebih sedikit spesies untuk bakteri, archaea, fungi, alga, dan virus dari berbagai konvensional dan ekstrim lingkungan di Cina.

Dan bahkan lebih inisiatif ambisius mikroba. Nikos Kyrpides, kepala JGI's genome-biology programme, merencanakan secara internasional, lima tahun upaya untuk sequence 15.000 mikroba yang dikenal dapat hidup dalam budaya laboratorium. Ia berharap untuk menerbitkan sebuah makalah yang menguraikan tujuan proyek dalam beberapa bulan mendatang. "Ini akan benar-benar mengubah pemahaman kita tentang mikroba mikrobiologi dan planet ini," kata Nikos.

Ikuti sains dan teknologi terkini di: Laporan Penelitian
Update via: Google+ Twitter Facebook Pinterest YouTube
Kesimpulan.com menerima konten tentang teknologi, sains, lingkungan dan bisnis dari siapa saja. Kami siap untuk publikasi dan press release. Informasi lanjut kunjungi laman ini.