Plastik Kacaukan Data Baca Analisis DNA

Tinuku
(KeSimpulan) Pencucian Kimia dengan plastik melempar hasil tes lab. Biolog menggunakan standar tes tabung plastik untuk mengukur konsentrasi DNA dan protein dalam sampel mereka yang mungkin akan mendapatkan hasil liar yang tidak benar karena pencucian dari bahan kimia yang keluar dari kontainer. Cara mapan untuk menilai konsentrasi dan beberapa sifat kunci dari DNA dan protein adalah mengukur tingkat cahaya ultraviolet molekul yang diserap pada panjang gelombang antara 220 dan 260 nanometer.

Tapi metode yang digunakan secara rutin dalam biologi molekular dikacaukan oleh tabung plastik yang melepaskan senyawa dan menyerap cahaya dalam kisaran yang sama, peningkatan data baca sebanyak 300%, kata peneliti dari Texas State University di San Marcos yang telah mempelajari masalah tersebut.

"Pencucian kimia dengan tabung polypropylene secara konsisten mengakibatkan harga yang terlalu tinggi dalam pengukuran," kata Kevin Lewis, genetikawan molekuler dan penulis laporan hasil penelitian tersebut.

Michael Robson, mahasiswa pascasarjana tersandung masalah tersebut saat mempelajari bagaimana mengikat DNA secara efisien. Yang mengejutkan, air disentrifugasi selama 30 menit atau lebih mulai menyerap cahaya pada panjang gelombang karakteristik DNA. Dicurigai bahwa tabung microcentrifuge mungkin menjadi biang keladinya. Robson dan koleganya mengambil dan melihat lebih dekat sepuluh jenis tabung dari sembilan produsen, menggunakan spektrometri massa untuk menentukan daya cuci bahan kimiawi. Pelucutan meningkat baik setelah tabung dipanaskan di atas 37°C maupun ketika menggunakan pelarut anorganik (prosedur yang digunakan dalam reaksi katalis enzim, ekstraksi protein, dan reaksi berantai polimerase).

Ada "keraguan lagi", kata Lewis, beberapa hasil dalam literatur menjadi tidak benar, setidaknya secara kuantitatif, meskipun perbedaan relatif antara sampel kontrol dan sampel eksperimen masih jalan terus. Lewis mengatakan bahwa hasil pemeriksaan ganda dengan teknik lain (seperti gel electrophoresis atau fluorometry di mana leaching bahan kimia tidak mempengaruhi data baca), akan mengetahui masalah tersebut.

Produsen telah dihubungi tetapi tidak dapat menanggapi sebelum publikasi resmi. Tetapi tim dari Texas tidak sendirian dalam melaporkan kekhawatiran pada plastik laboratorium. Pada bulan November 2008, peneliti di Kanada menemukan bahan kimia dalam pipette tips dan tabung plastik mengganggu aktivitas enzim penelitian mereka. Dan baru-baru ini, peneliti di Jerman melaporkan tentang isu standar piring Petri (terbuat dari polystyrene) yang mengkaburkan hasil dari budidaya sel.

"Meskipun peningkatan eksposur masalah ini terjadi selama dua atau tiga tahun terakhir, pipette tips dan microfuge tubes dibeli dari mayoritas sumber (terutama merek lebih murah) yang masih mengandung aditif resapan dalam buffer dan pelarut lalu mengganggu pengukuran," kata Andrew Holt, farmakolog dari University of Alberta di Edmonton, Kanada. Masalah juga menjalar ke klinik. Tahun lalu, Holt dan para koleganya di Hadassah-Hebrew University Medical Center di Yerusalem melaporkan lonjakan aneh gangguan diagnosis metabolisme setelah laboratorium mengubah pemasok pipette tips.

Laboratorium kerja Lewis yang melaporkan hasil ini dalam edisi April di BioTechniques, sekarang menggunakan tabung dengan aditif rendah. "Mungkin ada beberapa kelemahan untuk tabung tersebut, karena aditif dimaksudkan untuk melindungi plastik. Mungkin rusak atau menjadi rapuh lebih cepat," kata Lewis.
  1. Lewis, L. K. et al. BioTechniques 48, 297-302 (2010).
  2. McDonald, G. R. et al. Science 322, 917 (2008).
  3. Sommer, A. P. et al. J. Bionic Eng. 7, 1-5 (2010).
  4. Belaiche, C. et al. Clin. Chem. 55, 1883-1884 (2009).
  5. Katsnelson, A. Nature. doi:10.1038/news.2010.200 (2010)
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment