Hasil Awal Proyek Sekuens Genome Microbiome Manusia

Tinuku
(KeSimpulan) Hasil pertama dari proyek microbiome manusia mendapatkan hampir 30.000 gen baru. The US Human Microbiome Project telah melakukan sekuens genome 178 anggota komunitas mikroba yang hidup di tubuh manusia. Proyek (senilai US$157 juta selama lima tahun yang didanai oleh US National Institutes of Health) bertujuan untuk mengkarakterisasi lebih banyak mikroorganisme yang hidup pada tubuh manusia seperti di tangan, mulut atau kulit kita.

Proyek ini diharapkan dapat mempelajari bagaimana komunitas ini yang sebagian besar tidak berbahaya dan berkontribusi untuk segala sesuatu mulai dari pencernaan maupun penyakit. Para peneliti ingin menentukan apakah terdapat koleksi inti dari mikroba (termasuk bakteri, virus dan jamur) yang terdapat pada semua orang dan bagaimana perubahan 'microbiome' dapat mempengaruhi kesehatan. Mereka juga ingin mengurutkan 900 mikroba untuk digunakan sebagai referensi strain yang membantu para peneliti memahami keterkaitan evolusi dalam microbiome tersebut.

Dalam sebuah makalah yang diterbitkan pekan lalu di Science, Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium, mengungkapkan analisis pertama terkait 178 genome microbiome manusia. Sedangkan 178 lainnya telah diurutkan sampai batas tertentu tetapi belum selesai. Tim tersebut mengidentifikasi hampir 30.000 gen mikroba baru, menyoroti fakta bahwa kita masih harus banyak belajar tentang genetika mikroorganisme.

Awal tahun ini, hasil awal yang dirilis oleh konsorsium Eropa yang disebut Metagenomics of the Human Intestinal Tract (MetaHIT) menghasilkan katalog 3,3 juta gen mikroba yang ada di sekitar 1.000 jenis bakteri. Selain katalog gen ini (yang tidak diurutkan ke dalam genome yang berbeda) MetaHIT bertujuan untuk melakukan sekuens 100 genome dari microbiome tersebut. Bersama dengan proyek AS akhirnya akan membawa jumlah sekuens genome microbiome lebih dari 1.000.

Meskipun demikian tetap hanya menggores bagian permukaan dari kompleksitas microbiome, kata Karen Nelson, mikrobiolog dan direktur J. Craig Venter Institute di Rockville, Maryland. Nelson dan rekan-rekannya melakukan sequencing strain yang telah diisolasi dari kulit, hidung dan mulut, usus, darah, alat kelamin dan saluran kemih kemudian dibudidayakan di laboratorium.

Kebutuhan laboratorium budidaya dapat mempersempit berbagai mikroba yang dapat diurutkan, karena banyak mikroorganisme yang tinggal di tubuh manusia tidak bertahan ketika dikeluarkan dari habitatnya. Nelson mengatakan bahwa pada akhirnya peneliti berharap untuk mengurutkan mikroba yang tidak dapat dibudidayakan menggunakan single-cell sequencing technologies yang sedang dalam pengembangan.

Hasil awal dari analisis cukup untuk menyorot keragaman microbiome manusia, kata David Relman, mikrobiolog dari Stanford University School of Medicine di Palo Alto, California. Pengumpulan 1.300 genome bakteri yang telah lengkap diurutkan dan disimpan ke dalam database publik menjadi bias terhadap mikroba penyebab penyakit, jadi relatif sedikit yang diketahui tentang penjajah manusia yang lebih damai. "Banyaknya gen unik yang mengesankan. Mereka menunjukkan berapa banyak novel dan potensi keanekaragaman fungsional genetik yang masih terpendam dalam microbiome manusia," kata Relman.
  1. The Human Microbiome Jumpstart Reference Strains Consortium. Science 328, 994-999. doi:10.1126/science.1183605 (2010)
  2. Qin, J. et al. Nature 464, 59-65. doi:10.1038/nature08821 (2010)
  3. Ledford, H. Nature. doi:10.1038/news.2010.254 (20 May 2010)
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment