Munculnya Materi Misterius yang Meragukan Hasil Analisis RNA

Tinuku
(KeSimpulan) Berlimpahnya transkrip dari genome. Materi misterius RNA mengisyaratkan bahwa studi genome mamalia sebelumnya mungkin tidak nampak. Hal yang misterius mengacu pada jumlah besar RNA yang disalin dari urutan DNA (ditranskripsi), tetapi tidak dapat dipertanggungjawabkan oleh gen yang telah diidentifikasi sejauh ini.

Menggunakan teknologi sequencing generasi terbaru, para peneliti di Kanada menemukan bahwa (pada sel-sel manusia dan sel-sel tikus) kebanyakan transkrip RNA merupakan salinan dari wilayah di dalam atau di dekat gen yang diketahui sebagai kode protein atau untuk mengatur ekspresi gen. Temuan memunculkan sengketa pada studi sebelumnya yang mengklaim bahwa sebagian besar dari genome mamalia (termasuk 98% atau lebih yang tidak mengkodekan protein) ditranskripsi menjadi RNA.

Selama beberapa tahun terakhir laporan menyarankan bahwa lebih banyak dari genome mamalia ditranskripsi menjadi RNA, melebihi dari jumlah yang dapat dipertanggung-jawabkan yang dikenal untuk gen. Beberapa peneliti percaya bahwa tambahan bukti tentang non-coding DNA dalam genome (kadang-kadang dikenal sebagai 'junk' DNA) dapat ditindaklanjuti.

Sebagian besar dari studi menggunakan teknologi tiling microarray di mana ribuan bidikan digunakan untuk menilai keberadaan transkrip RNA. Tetapi metode ini diketahui memiliki keterbatasan misalnya beberapa probe dapat melekat pada urutan yang tidak sesuai. Sedangkan penelitian yang lebih baru di mana transkrip RNA yang diurutkan secara langsung menggunakan teknik yang disebut RNA-Seq mengindikasikan bahwa jumlah genome mamalia yang ditranskripsi mungkin tidak akan sama besarnya dengan yang dilakukan sebelumnya.

Dalam penelitian terbaru yang dipimpin oleh Harm van Bakel dari University of Toronto di Ontario membaca perbedaan secara langsung dengan menganalisis sampel dari jaringan yang sama baik menggunakan tiling microarrays maupun RNA-Seq. Tim menemukan bahwa mikroarray menunjukkan banyak transkrip misterius, sedangkan teknologi RNA-Seq menemukan beberapa transkrip selain yang terkait dengan gen pengkode protein. Kerja tim ini dipublikasikan di PLoS Biology.

RNA-Seq diterima secara umum dan lebih dapat diandalkan dibandingkan dengan teknologi microarray, kata Timothy Hughes di University of Toronto, terutama ketika transkrip menganalisis pada konsentrasi rendah. "Kami menduga untuk waktu yang lama bahwa tiling arrays benar-benar berisik," kata Hughes.

Ini adalah "sebuah studi seimbang yang memberikan banyak kredibilitas" dengan gagasan bahwa materi misterius transkripsi sangat berlebihan, kata Eric Schadt, sekuenser dari Pacific Biosciences di Menlo Park, California, yang tidak terlibat dalam penelitian. "Perbandingan langsung antara microarray-based technologies dan RNA sequencing adalah hal yang tepat untuk dilakukan. Pekerjaan yang seharusnya membantu para ilmuwan berpikir melalui laporan hasil yang bertentangan," kata Schadt yang telah menggunakan mikroarray dalam menampilkan transkripsi besar dari genome.

Meskipun sebagian besar transkrip yang diidentifikasi adalah gen yang terkait dengan pengkode protein, banyak dari transkrip belum juga dilaporkan sebelumnya seperti membuka pertanyaan tentang apa fungsi yang mungkin didapat, kata van Bakel. Beberapa orang mungkin berpikir transkrip RNA berbeda dari gen yang sama, sedangkan yang lain mungkin dikaitkan dengan aturan transkripsi DNA.

Dari transkrip yang tidak terkait dengan gen yang diketahui, sebagian besar transkrip yang sangat pendek maupun yang ditemukan pada tingkat yang sangat rendah adalah tanda-tanda tentang 'noise' yang melatar-belakangi transkripsi. Jadi transkrip ini mungkin tidak memiliki fungsi sama sekali, kata van Bakel.

Tetapi Philipp Kapranov dari Helicos BioSciences (sebuah perusahaan bioteknologi di Cambridge, Massachusetts) mengatakan bahwa laboratorium mereka yang juga menggunakan RNA-Seq memiliki kemampuan dalam melihat hasil yang berbeda. Kapranov mengatakan terus menemukan persentase tinggi sel RNA yang berasal dari wilayah gen. "Saya tidak tahu kenapa hasil yang disajikan dalam makalah ini berbeda dari kita," kata Kapranov yang menyarankan bahwa mungkin ada perbedaan dalam protokol sekuensing mereka.

Apakah transkrip berhubungan dengan gen atau tidak, uji fungsional sejati dari relevansi mereka mungkin berasal dari studi pada manusia, kata Schadt. Untuk melihat apakah keberadaan transkrip RNA secara spesifik berhubungan dengan ekspresi gen atau ciri-ciri penyakit di populasi "akan memberi tahu kita apakah kita harus membayar untuk suatu jenis sekuens," kata Schadt.
  1. Kapranov, P. et al. Science 296, 916-919. doi:10.1126/SCIENCE.1068597 (2002).
  2. Cheng, J. et al. Science 308, 1149-1154. doi:10.1126/science.1108625 (2005).
  3. Bertone, P. et al. Science 306, 2242-2246. doi:10.1126/science.1103388 (2004).
  4. Van Bakel, H. & Hughes, T. R. Brief Funct. Genomic Proteomic 8, 424-436. doi:10.1093/bfgp/elp037 (2009).
  5. Van Bakel, H., Nislow, C., Blencowe, B. J. & Hughes, T. R. PLoS Biol. 8, e1371. doi:10.1371/journal.pbio.1000371 (2010).
  6. Schadt, E. E. et al. Genome Biol. 5, R73. doi:10.1186/gb-2004-5-10-r73 (2004).
  7. Phillips, M. L, Nature. doi:10.1038/news.2010.248 (18 May 2010)
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment