Virus Kuno Hepatitis B Ditemukan Dalam Genome Burung Pipit

Tinuku
KeSimpulan.com - Virus kuno ditemukan bersembunyi dalam genome Finch. Virus Hepatitis B dan sejenisnya sudah ada untuk waktu yang sangat lama.

Sebuah fosil virus yang baru ditemukan terpendam dalam genom zebra finch menunjukkan bahwa keluarga virus Hepatitis B (dikenal sebagai hepadnaviruses) muncul setidaknya 19 juta tahun yang lalu. Bersama dengan temuan baru pada virus lainnya, penelitian menunjukkan bahwa semua virus mungkin jauh lebih tua dari yang telah dipikirkan.

Tidak ada yang tahu persis di mana atau kapan virus berasal karena tidak meninggalkan fosil, sehingga para ilmuwan harus menelusuri urutan DNA pada berbagai organisme untuk mencari bukti infeksi purba. Berdasarkan fragmen gen virus yang ditemukan dalam DNA kelelawar dan walabi, misalnya, para peneliti telah menyimpulkan tali keluarga virus Ebola dan Marburg yang mulai menginfeksi mamalia puluhan juta tahun yang lalu.

Temuan Hepadnavirus muncul hampir secara kebetulan. Pada suatu malam, Cédric Feschotte, genetikawan evolusi dari University of Texas di Arlington, browsing sekuens DNA di database GenBank. Dengan iseng, Feschotte mengetik sekuens dalam asam amino yang membentuk virus Hepatitis B. "Saya hanya bermain," kata Feschotte yang tidak mengharapkan untuk banyak menemukan, tetapi muncul di dalam genome zebra finch. Mendorong penelitian untuk mengungkap bahwa genome burung pipit ini mengandung 15 fragmen Hepadnavirus yang tersebar pada lebih dari 10 kromosom.

Feschotte dan rekan postdoctoral, Clément Gilbert, mulai mencoba untuk mencari tahu berapa lama virus telah memasuki genome pipit. Mereka mengumpulkan sampel jaringan dari lima spesies yang terkait dengan zebra finch (Olive sunbird, Dark-eyed junco, Gouldian finch, Scaly-breasted munia, dan Black-throated finch) ketika memasukkan virus itu sendiri ke dalam DNA inang secara acak.

Asumsi para peneliti, jika mereka menemukan fragmen virus di tempat yang sama pada dua burung terkait maka penyisipan harus telah terjadi pada saat masih menjadi satu spesies (sebelum berevolusi menjadi dua spesies). Penelitian sebelumnya menempatkan usia Hepadnaviruses kurang dari 6000 tahun. Dan Hepadnavirus dalam genome pipit cukup mirip dengan virus Hepatitis B yang menginfeksi itik modern. Para peneliti berasumsi bahwa integrasi tersebut terjadi baru saja.

Namun ketika mereka mengurutkan kode-kode dalam fragmen genome Hepadnavirus yang muncul pada zebra finch, mereka menemukan bahwa virus sangat tua. Fragmen virus hadir di semua burung kecuali Olive sunbird yang menyimpang dari spesies lain sekitar 35 juta tahun yang lalu. Para ilmuwan menduga bahwa infeksi pertama harus terjadi antara 35 juta dan 25 juta tahun yang lalu, ketika Junco yang relatif paling tua berikutnya memisahkan diri.

Untuk memverifikasi hasil temuan, para peneliti beralih ke metode jam molekuler yang mengasumsikan tingkat konstan mutasi genetik dating spesies. Karena virus merupakan bagian dari genome pipit, mereka menggunakan nilai mutasi standar burung. Hasil analisis menunjukkan Hepadnavirus pertama kali memasuki genome burung antara 19 juta dan 40 juta tahun yang lalu. Para peneliti melaporkan hari ini di PLoS Biology. "19 juta tahun merupakan usia minimum dan kami sangat menjamin," kata Feschotte.

Ini studi "elegan" yang telah "benar-benar mengubah pemahaman kita tentang skala waktu evolusi virus," kata Eddie Holmes, biolog evolusi dari Pennsylvania State University di University Park. Tanggal yang mereka tujukkan "sangat dipercaya." Namun sekuens Hepadnavirus modern tampaknya hanya beberapa ribu tahun. Para ilmuwan belum berhasil menemukan cara untuk mendamaikan kedua estimasi, kata Holmes.

Temuan bahwa Hepadnavirus purba ini sangat mirip dengan virus modern menunjukkan Hepadnaviruses tidak selalu terkunci dalam perlombaan senjata evolusi dengan tuan mereka, kata Harmit Malik, genetikawan evolusi dari Fred Hutchinson Cancer Research Center di Seattle, Washington. Virus-virus modern akan lebih berbeda.

Genome untuk banyak spesies telah tersedia, para peneliti mungkin akan menemukan sisa-sisa virus bahkan di dalam yang lebih bersembunyi, kata Feschotte. Dan ini akan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang sejarah evolusi dari semua virus.
  1. Clément Gilbert and Cédric Feschotte (Department of Biology, University of Texas, Arlington, Texas, United States of America). Genomic Fossils Calibrate the Long-Term Evolution of Hepadnaviruses, PLoS Biology, 8(9): e1000495, September 28, 2010 DOI:10.1371/journal.pbio.1000495
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment