Target Struktur Protein ke 1000 Dicapai Structural Genomics Consortium (SGC)

Tinuku
KeSimpulan.com - Konsorsium internasional telah memecahkan struktur protein yang ke 1.000 di antara kobaran kritik para biolog.

Structural Genomics Consortium (SGC) merayakan tercapainya target mahal tetapi menarik. Sebuah tim internasional dari 180 ilmuwan, bersatu untuk mewujudkan tujuan mereka secara cepat menentukan struktur protein yang berkaitan dengan kesehatan manusia dan sekarang telah memecahkan struktur yang ke 1.000. Ini telah dilakukan para peneliti dari SGC selama enam tahun dan menelan biaya US$150 juta.

Memahami struktur protein dalam tiga dimensi adalah kunci untuk menentukan apa itu protein. Tetapi tidak seperti sekuensing genome di mana teknologi yang sama dapat digunakan untuk urutan hampir setiap genome karena pemecahan struktur satu protein mungkin memerlukan suatu pendekatan yang berbeda dengan pemecahan protein yang lain. Akibatnya, menentukan struktur protein menjadi melelahkan, lambat dan lama.

Input 'structural genomics', sebuah pendekatan yang berfokus pada mempercepat proses. Beberapa proyek struktur genomika dimulai segera setelah draft sekuens genome manusia selesai pada tahun 2000, tetapi telah memicu api dari para peneliti yang prihatin seperti proyek-proyek berskala besar yang menyedot dana dari peneliti individual.

"Saya hanya berpikir ini merupakan cara yang bijaksana untuk menghabiskan uang kita pada ilmu pengetahuan," kata Gregory Petsko, biokimiawan dari Brandeis University di Waltham, Massachusetts. Petsko mencatat biaya sekitar US$20 juta setahun dimana biaya SGC kira-kira sebanyak 100 hibah dari National Institutes of Health kepada peneliti individu. "Apakah Anda bermaksud mengatakan pada saya bahwa proyek-proyek ilmiah setara 100 hibah individu? Saya yakin tidak layak untuk angka 20," kata Petsko.

The US-based Protein Structure Initiative, secara khusus telah dikritik karena menangani protein yang kurang menarik bagi biolog. "Genomik Struktural telah menjadi kata yang buruk. Ini adalah elang laut yang kita tanggung," kata Aled Edwards, Direktur SGC dari University of Toronto, Kanada.

Namun SGC selalu terus mengawasi protein dengan relevansi langsung bagi kesehatan manusia dan hampir semua dari 1.000 struktur yang telah diselesaikan adalah protein manusia. Edwards mengatakan sekitar 15% dari dana untuk proyek ini berasal dari industri dengan sisanya dari pemerintah dan yayasan amal seperti Inggris Wellcome Trust. Daftar target protein diukir bekerjasama dengan pada investor SGC.

Pada saat dimulai, SGC bertujuan untuk menurunkan biaya pemecahan struktur protein. Tetapi setelah proyek berlangsung, tim menyadari bahwa fokus biaya murah dan perubahan ilmu pengetahuan, kata Cheryl Arrowsmith, biolog struktural dari University of Toronto dan Ontario Cancer Institute. Sebaliknya, proyek mengubah strategi dan mulai menekankan kerja tindak lanjut yang dibangun pada informasi struktural untuk mengembangkan gambaran yang lebih jelas fungsi protein tersebut.

Edwards mengatakan tim masih mencoba untuk menjaga biaya per struktur di bawah US$150.000. Hasilnya, laporan minggu lalu tentang deskripsi molekul kecil disebut BRD4 yang menghambat protein karena terlibat dalam suatu bentuk kanker langka, kata Arrowsmith.

Para peneliti studi ini, termasuk peneliti SGC Stefan Knapp dari University of Oxford, Inggris, memecahkan struktur BRD4 terikat pada inhibitor, kemudian dilanjutkan untuk menentukan bagaimana interferensi molekul BRD4 dan apakah juga memperlambat pertumbuhan kanker (Setidaknya pada kultur sel dan tumor manusia dipindahkan ke dalam tikus). Dan yang terbaik dari semua, seluruh proyek hanya selama tujuh bulan, kata Edwards.

Hasil dari SGC segera diterbitkan ke dalam database publik, seringkali jauh sebelum tim siap untuk menerbitkan. "Tidak ada pandangan pertama, tidak ada enam bulan penundaan. Ini adalah cara bekerja sama dengan industri yang akan tumbuh dan menjadi lebih umum," kata Edwards.
  1. Panagis Filippakopoulos, Jun Qi, Sarah Picaud, Yao Shen, William B. Smith, Oleg Fedorov, Elizabeth M. Morse, Tracey Keates, Tyler T. Hickman, Ildiko Felletar, Martin Philpott, Shonagh Munro, Michael R. McKeown, Yuchuan Wang, Amanda L. Christie, Nathan West, Michael J. Cameron, Brian Schwartz, Tom D. Heightman, Nicholas La Thangue, Christopher A. French, Olaf Wiest, Andrew L. Kung, Stefan Knapp and James E. Bradner. Selective inhibition of BET bromodomains, Nature, 24 September 2010, DOI:10.1038/nature09504
  2. Heidi Ledford, Nature, DOI:10.1038/news.2010.500
  3. Structural Genomics Consortium (SGC) ~ http://www.thesgc.org
  4. The Structural Genomics Consortium (SGC) ~ http://www.thesgc.org
  5. Protein Data Bank ~ http://www.pdb.org/pdb/home/home.do
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment