Hasil Sekuensing Genome Menjadwal Kemunculan Orangutan 15 Juta Tahun Lalu

Tinuku
News KeSimpulan.com - Yes…! Setelah lama ditunggu-tunggu akhirnya selesai juga. Hasil sekuensing lengkap genome orangutan resmi dilaporkan dan memberi beberapa kejutan.

Orangutan sebagai primata besar memiliki DNA luar biasa stabil. Tim besar penelitian yang terdiri dari ratusan peneliti baru saja menyelesaikan sekuensing seluruh genome sepupu relatif kita yang berambut oranye dan memberi kejutan bahwa DNA hanya mengalami perubahan jauh lebih sedikit dari waktu ke waktu dibandingkan manusia atau simpanse.

"Orangutan adalah orang yang aneh," kata Devin Locke, genetikawan struktural dari Washington University School of Medicine di St Louis, Missouri, yang memimpin proyek sekuensing.

Genome orangutan memiliki satu kejutan lainnya. Locke dan rekan-rekannya sekuensing enam sumatera dan lima kalimantan yang diklasifikasikan sebagai spesies yang berbeda yaitu Pongo abelii dan Pongo pygmaeus. Primata ini secara fisik terpisah sedikitnya 21.000 tahun lalu ketika jembatan darat terakhir antara dua pulau. Studi sebelumnya memperkirakan bahwa mereka menjadi spesies yang berbeda lebih dari 1 juta tahun yang lalu. Tetapi analisis baru yang dilaporkan kemarin ke Nature akan menulis ulang sejarah: mereka berpisah hanya pada 400.000 tahun yang lalu.

"Kebanyakan penelitian sebelumnya menggunakan dataset kecil dan jumlah terbatas urutan DNA. Pondasi statistik jauh lebih besar ketika Anda memiliki seluruh genome," kata Locke.

Secara umum populasi genetik beragam beradaptasi dengan perubahan lingkungan agar lebih baik daripada genetik identik sehingga hasilnya mungkin kabar baik bagi upaya konservasi meskipun orangutan sedikit.

"Jika penyakit menyapu melalui populasi genetik identik dapat menghapus mereka semua," kata Jenny Graves, genetikawan dari Australian National University di Canberra.

Ini bukan tanpa preseden. Populasi setan Tasmania di Australia tidak memiliki keragaman genetik dan telah terdorong ke ambang kepunahan oleh tumor wajah menular, kata Graves.

Orangutan sekarang bergabung dengan klub elit simpanse dan manusia sebagai primata besar ketiga dengan genome yang telah diurutkan.

"Genome orangutan adalah sumber daya yang luar biasa. Ini akan membantu menjelaskan bagaimana setiap bagian genome manusia dan kera Afrika terkait satu sama lain dan evolusi," kata Svante Pääbo, genetikawan evolusioner dari Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology di Leipzig, Jerman.

Wawasan sudah datang, orangutan muncul sekitar 12 juta hingga 16 juta tahun lalu, memungkinkan genome mereka jauh lebih banyak waktu untuk berkembang dibandingkan dengan manusia dan simpanse yang memisahkan diri menjadi garis keturunan sendiri antara 5 juta hingga hingga 6 juta tahun yang lalu.

Tapi perbandingan dari tiga genome menunjukkan bahwa manusia dan simpanse kehilangan atau mendapatkan gen baru dua kali lipat daripada orangutan. Kemungkinan terjadi ruas DNA yang disebut retrotransposons. Ini kunci pendorong lompatan evolusi genome, menciptakan gen baru yang melumpuhkan gen yang sudah ada atau mengubah regulasi gen. Data baru menunjukkan retrotransposons umum dikenal sebagai elemen Alu bergerak di sekitar genome orangutan jauh lebih sedikit daripada yang dimiliki dalam genome manusia dan simpanse.

"Saya tidak ingin mengatakan bahwa [peristiwa retrotransposition Alu] mematikan dalam genome orangutan, tetapi mereka telah ditekan," kata Locke.

Para peneliti juga menemukan dari waktu ke waktu, struktur kromosom orangutan telah mengalami perubahan kecil yang mungkin berhubungan dengan temuan elemen Alu. Peneliti lain telah menyatakan bahwa variasi struktur yang kuat pada manusia dan simpanse mungkin telah memacu peningkatan kecerdasan. Tetapi catatan Locke bahwa orangutan juga sangat cerdas.

"Kalau orangutan memiliki variasi struktural sangat sedikit, mungkin ini decouples variasi struktural dari intelegensi," kata Locke.

Sebuah studi yang terpisah namun berhubungan yang dilaporkan hari ini di Genome Research menemukan secara tidak terduga perbandingan tiga genome kera besar. Sebuah tim yang dipimpin oleh Mikkel H. Schierup dan Thomas Mailund dari Aarhus University Denmark menemukan beberapa wilayah genome manusia lebih mirip dengan orangutan daripada simpanse.

Ini mencerminkan fakta bahwa pada saat manusia memisahkan diri dari satu nenek moyang dengan simpanse, memiliki DNA satu leluhur dengan orangutan. Tetapi manusia dan simpanse telah berevolusi secara terpisah selama jutaan tahun. Dalam prosesnya, simpanse untuk alasan misterius kehilangan beberapa DNA orangutan.

Banyak kejutan lagi pasti akan datang karena para peneliti akan membandingkan genome primata lebih banyak. Proyek selanjutnya adalah gorila dan bonobo.
  1. Devin P. Locke, et.al. Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes. Nature, Volume:469, Pages:529–533, 26 January 2011, DOI:10.1038/nature09687
  2. Asger Hobolth, Julien Y. Dutheil, Thomas Mailund (Bioinformatics Research Center, Aarhus University); John Hawks (University of Wisconsin-Madison); Mikkel H. Schierup (Bioinformatics Research Center, Aarhus University; University of Wisconsin-Madison). Incomplete lineage sorting patterns among human, chimpanzee and orangutan suggest recent orangutan speciation and widespread selection. Genome Research, gr.114751.110, January 26, 2011, DOI:10.1101/gr.114751.110
Devin Locke http://genome.wustl.edu/people/locke_devin
Svante Pääbo http://www.eva.mpg.de/genetics/files/team_paabo.html
Jenny Graves http://www.rsbs.anu.edu.au/profiles/jenny_graves/
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment