Infeksi Virtual Kontaminasi Genom Manusia Dengan DNA Mycoplasma

Tinuku
News KeSimpulan.com - Genom manusia terkontaminasi DNA Mycoplasma. Temuan DNA asing dalam genom manusia memunculkan pertanyaan tentang pencegahan 'infeksi virtual'.

Awal tahun ini, para biolog molekul mengumumkan bahwa 20 persen database genom non manusia terkontaminasi dengan DNA manusia, mungkin dari para peneliti yang sequencing sampel. Sekarang, genom manusia itu sendiri menjadi terkontaminasi.

Bill Langdon, software programer dari University College London dan Matius Arno di King’s College London mengatakan telah menemukan sekuens bakteri Mycoplasma dalam database genom manusia.

Kontaminasi ini memiliki konsekuensi jauh. Perusahaan biotek menggunakan database genom manusia untuk menciptakan chip DNA untuk mengukur tingkat ekspresi gen manusia.

Langdon dan Arno mengatakan telah menemukan DNA Mycoplasma dalam dua chip komersial DNA manusia.

Siapa saja yang menggunakan chip ini untuk mengukur ekspresi gen manusia juga tidak sadar mengukur ekspresi gen Mycoplasma.

"Hal ini juga diketahui bahwa kontaminasi Mycoplasma tersebar luas di laboratorium biologi molekuler," kata Langdon dan Arno melapor ke arXiv.

Pertanyaan kunci adalah informasi sifat dari jenis transmisi. Gen-gen Mycoplasma jelas berhasil mereproduksi diri in silico. Salah satu kemungkinan awal yang sama sekali baru dalam lanskap infeksi.

Di sini, gen yang bisa menyamar sebagai manusia (atau memang sebagai organisme lain) berhasil mengirim diri dari satu database ke database yang lain. Dan jika berpikir tentang infeksi secara virtual, taruhan pasti terhadap kekhawatiran tentang evolusi virtual yang berlangsung cepat.

Tetapi apa yang harus dilakukan? Tingkat kontaminasi dan cara ke mana menyebar menunjukkan bahwa peneliti kalah dalam pertempuran untuk mencegahnya.

"Kami khawatir ... perangkat saat ini tidak cukup untuk menangkap gen yang telah melompat penghalang silikon. Setelah menemukan dua tersangka sekuens DNA, tampaknya kemungkinan genom manusia berisi sekuens lebih," kata Langdon dan Arno.

Langdon dan Arno menyarankan bahwa infeksi virtual benar-benar sebagai masalah besar, mungkin perlu melindungi database dengan versi genom perangkat lunak antivirus, semacam sistem kekebalan virtual. Tetapi ini kemungkinan dapat memicu perlombaan senjata evolusioner yang memilih gen paling mampu mengalahkan keamanan.

Download Laporan : http://arxiv.org/abs/1106.4192

  1. W. B. Langdon and M. J. Arno. More Mouldy Data: Another mycoplasma gene jumps the silicon barrier into the human genome. arXiv:1106.4192, (Submitted on 21 Jun 2011), http://arxiv.org/abs/1106.4192
  2. Mark S. Longo (Department of Molecular and Cell Biology, University of Connecticut, Storrs, Connecticut, United States of America) et.al. Abundant Human DNA Contamination Identified in Non-Primate Genome Databases. PLoS ONE 6(2): e16410, February 16, 2011, DOI:10.1371/journal.pone.0016410 (download: DOI: 10.1371/journal.pone.0016410)
Bill Langdon http://www.cs.ucl.ac.uk/people/W.Langdon.html
Matius Arno http://www.kcl.ac.uk

Gambar : W. B. Langdon and M. J. Arno, arXiv:1106.4192
Tinuku Store

No comments:

Post a Comment