Sensus Keanekaragaman Hewan Dari DNA Kotoran

Tinuku
News KeSimpulan.com - Ekolog menggali lebih dalam DNA. Sampel kotoran di tanah dapat mengungkapkan keanekaragaman hayati suatu wilayah.

Cara jauh lebih mudah terletak tepat di bawah kaki. Tanah mengandung fragmen DNA yang secara akurat dapat mengungkapkan keanekaragaman hewan suatu daerah.

"Pertama kalinya DNA 'kotoran' tidak hanya mencerminkan spesies yang hidup di suatu daerah, tapi juga ada berapa banyak," kata Eske Willerslev, bioevolusioner dari University of Copenhagen, Denmark.

Teknik baru memiliki banyak keuntungan dimana sampel DNA 'kotoran' membutuhkan keahlian, waktu, dan energi lebih sedikit. Tidak seperti perangkap dan tag, cara baru tidak berisiko merugikan hewan.

Ekolog saat ini mengidentifikasi hewan dengan DNA dan bahkan DNA yang teringgal di serpihan kulit, sisik dan limbah. Menggunakan state-of-the-art sequencing techniques, Willerslev mengungkapkan tidak hanya spesies terduga tetapi juga jumlah hewan setiap spesies.

Untuk membuktikan metode ini, tim Willerslev mengambil sampel dari taman safari dengan jumlah mamalia besar termasuk gajah Asia dan Rusa Biru Kutub. DNA diambil dari tanah dan sequencing fragmen menggunakan high-throughput DNA sequencing machine.

Ketika membandingkan sekuens individu untuk jutaan urutan DNA dalam database GenBank, menemukan semua hewan kecuali jerapah yang baru saja masuk taman safari.

Biolog lapangan bisa mengumpulkan 10 sentimeter permukaan tanah dari beberapa situs, dibawa ke laboratorium dilengkapi kit ekstraksi DNA dan mesin PCR untuk memperkuat DNA, kemudian mengirim sampel DNA tempat lain untuk sequencing.

"Ini benar-benar cukup sederhana," kata Willerslev melapor ke Molecular Ecology.

Bahkan DNA hewan yang tertinggal daerah uji 2 bulan sebelumnya dapat dimunculkan. Jejak genetik tampaknya bertahan. Menggali lebih dalam dapat mengungkap hewan-hewan yang menempati wilayah beberapa ribu tahun lalu, kata Willerslev.

Namun, sampel tersebut mungkin akan bias, DNA permukaan dapat meresap turun, mendistorsi catatan sejarah, dan beberapa DNA yang mengandung struktur seperti bulu unta, bertahan lebih lama dari yang lain.

"Saya tidak yakin seberapa baik berkerja dalam kasus di mana kita mencari hal-hal kecil dan langka seperti serangga di sebuah daerah yang luas," kata Amy Vandergast, genetikawan dari US Geological Survey Field Station San Diego di California.

Tapi Vandergas mengatakan mungkin dapat untuk melacak hewan yang lebih besar di daerah terbatas, misalnya, habitat sempit yang menghubungkan suatu reservoir dengan yang lain.

Robert Hanner, biolog molekuler dari University of Guelph di Ontario, Kanada, mengatakan tanah sudah diketahui memiliki DNA, tetapi laporan baru menetapkan satu set protokol untuk meneliti komposisi.

"Mungkin beberapa orang tidak melihat bahwa ini menarik, tapi saya pikir cukup spektakuler. Sekarang kita dapat bergerak maju, bukan berdebat tentang apakah teknik ini memberikan hasil yang palsu," kata Hanner.
  1. Kenneth Andersen (Centre for GeoGenetics, University of Copenhagen, Ă˜ster Voldgade 5-7, DK-1350, Denmark) et.al. Meta-barcoding of ‘dirt’ DNA from soil reflects vertebrate biodiversity, Molecular Ecology, 14 SEP 2011, DOI:10.1111/j.1365-294X.2011.05261.x
Eske Willerslev http://www.ku.dk/english/
Amy Vandergast http://www.werc.usgs.gov/person.aspx?personID=146
Robert Hanner http://www.uoguelph.ca/ib/people/faculty/hanner.shtml
Tinuku Store